يأتي التكليف لمكتب حقوق الإنسان ببعثة الأمم المتحدة من قرار مجلس الأمن رقم 1590، الذي نادى بضرورة وجود التمثيل المناسب لحقوق الإنسان في بعثة الأمم المتحدة بالسودان وتوفر الخبرة اللازمة للقيام بمهام الارتقاء بحقوق الإنسان وحماية المدنيين والمتابعة .
يقع مكتب حقوق الإنسان التابع لبعثة الأمم المتحدة في السودان تحت مسئولية النائب الأول للممثل الخاص للأمين العام للأمم المتحدة في السودان، كما يعمل المكتب بشكل لصيق مع مكتب المفوضية السامية لحقوق الإنسان التابع للأمم المتحدة في جنيف. وتتواجد مكاتب حقوق الإنسان التابعة لبعثة الأمم المتحدة في مخنلف أرجاء السودان ممثلة في مكاتبها في دارفور (الفاشر، و نيالا، والجنينة ، وزالنجي) ، وفي المناطق الإنتقالية مثل( ابيي ، وكادقلي )، وفي شرق السودان (كسلا) و في جنوب السودان في جوبا. ويخطط مكتب حقوق الإنسان التابع لبعثة الأمم المتحدة في السودان لتوسيع نشاطاته إلى مناطق أخرى في السودان مع نشر ضباط حقوق الانسان في المكاتب التابعة لبعثة الأمم المتحدة في كل من مدينة رمبيك و ملكال و واو والدمازين .
دور مكتب حقوق الإنسان في البعثة:
§ يقوم مكتب حقوق الإنسان في البعثة بالتحري والمراقبة ورفع التقارير عن الانتهاكات الخاصة بحقوق الإنسان في دارفور بلا تحيز، ويقوم بتقديم التوصيات لحكومة السودان لتقوم بدورها بإجراء الإصلاحات اللازمة.
§ تقييم وضع حقوق الإنسان في جنوب السودان وباقي أنحاء البلاد ورفع التقارير للبعثة كجزء من مجهود البعثة في دعم تنفيذ اتفاقية السلام الشامل .
§ دعم تأسيس مفوضية حقوق الإنسان في السودان وتعزيزها كما جاء في اتفاقية السلام الشامل .
§ مراقبة الشرطة، والنيابة العامة، والجهاز القضائي المسئولين عن متابعة قضايا حقوق الإنسان على الصعيدين المحلي والقومي .
§ زيارة مواقع المحتجزين ومراقبة أوضاعهم ومتابعتها والتأكد من شرعية احتجازهم وعدم تعرضهم للمعاملة السيئة أو التعذيب.
§ التنسيق والتعاون فيما يلي السياسات المتعلقة بحقوق الإنسان بين بعثة الأمم المتحدة ووكالات الأمم المتحدة الأخرى .
§ العمل سوياً مع بعثة الاتحاد الأفريقي بالسودان في القضايا الخاصة بحقوق الإنسان.
§ المشاركة في دعم حقوق الإنسان وحكم القانون من خلال توفير المساعدة في وضع التشريعات وتوفير المشورة القانوني.
§ دعم بناء القدارت وتعزيز دور ممثلي المجتمع المدني السوداني في مجال حقوق الإنسان .
المفوضية القومية لحقوق الإنسان
نصت إتفاقية السلام الشامل علي تشكيل 12 مفوضية رئيسة، من ضمنها المفوضية القومية لحقوق الإنسان (NHRC) . ويقوم قسم حقوق الإنسان ببعثة الأمم المتحدة، بعقد اجتماعات منتظمة مع المجلس الإستشاري لحقوق الإنسان، لمناقشة وضع المفوضية القومية لحقوق الإنسان والتي لم تنشأ بعد. وفي شهر مايو 2006 شارفت وزارة العدل علي وضع اللمسات الاخيرة في القانون المتعلق بتأسيس المفوضية القومية لحقوق الإنسان.
ظل قسم حقوق الإنسان التابع لبعثة الأمم المتحدة في السودان يعمل مع شرائح المجتمع المدني بغرض التأكد من مشارك ة هذه الشرائح في الصياغة و التحضير لوضع القانون الذي ينشئ المفوضية القومية لحقوق الإنسان، وللتأكد من قيامها بدورها المستمر في تأسيس وتفعيل عمل المفوضية القومية لحقوق الإنسان. وتعتبر مشاركة المنظمات غير الحكومية في هذه العملية ضرورية لتأكيد إستقلال المفوضية القومية، وفقاً لمبادئ باريس المتعلقة بأوضاع المؤسسات القومية فيما يخص حقوق الإنسان.
لقد تم تشكيل لجنة حول المفوضية القومية لحقوق الإنسان تابعة للمنظمات الغير الحكومية، كما ويساعد مكتب حقوق الإنسان التابع لبعثة الأمم المتحدة في السودان في تنظيم ورش العمل مع المنظمات غير الحكومية والمجلس الإستشاري لحقوق الإنسان لتسهيل التواصل بين الحكومة والمجتمع المدني حول القضايا الخاصة بتأسيس المفوضية القومية لحقوق الإنسان.